Usko ja järki erotetaan toisistaan [45-48]

45. Kun ensimmäiset yliopistot perustettiin, teologia huomasi joutuneensa välittömästi kasvotusten muun tutkimuksen ja tieteellisen tietämisen kanssa. Pyhä Albertus Magnus ja pyhä Tuomas ensimmäisinä tunnustivat filosofialle ja muille tieteille niiden tarvitseman autonomian, vaikka he pitivätkin kiinni teologian ja filosofian orgaanisesta yhteenkuuluvuudesta: autonomia oli tarpeen, jotta kumpikin tutkimusalue saattoi omistautua hedelmällisesti omaan työhönsä. Myöhemmältä keskiajalta alkaen näiden tieteenalojen oikea erottaminen toisistaan muuttui kuitenkin vähitellen epäonnistuneeksi eroksi. Liian pitkälle menevä rationalistinen henki sai ylivallan, ja joidenkin ajattelijoiden asenteet muuttuivat yhä radikaalimmiksi, kunnes he alkoivat vaatia uskon sisällöistä eriytynyttä ja sen rinnalla erikseen toimivaa, ehdottoman autonomista filosofiaa. Tämä ero herätti muun muassa kasvavaa epäilystä järkeä kohtaan. Jotkut ajattelijat alkoivat osoittaa yleistä, skeptistä, agnostista epäilyä. Toiset halusivat suoda uskolle enemmän tilaa, toiset taas halusivat saattaa uskon kaikki suhteet järkeen epäilyttäviksi. Se, minkä patristisen ja keskiajan ajattelu oli luonut harkiten syväksi ykseydeksi, joka oli tuottanut korkeinta spekulatiivista ajattelua mahdollistavan tietämyksen ja toteuttanut sen, sen tuhosivat loppujen lopuksi ne järjestelmät, jotka edustivat uskosta erottuvaa ja sille vaihtoehtoista järjen tietoa.